这本书主要展示了笛卡尔是如何从他经由反思而得出的自然原理出发，一步步推出了从宇宙天体到地界万物的全部自然现象。这些自然原理与笛卡尔在《第一哲学沉思集》中经由认识论的怀疑而达到的确定无疑的形而上学原理相呼应，笛卡尔认为它们构成了哲学之树的“根”。而由这些数量不多的根系，可以长出物理学的“参天大树”，并分化出医学、力学、工程学、伦理学等“枝干”。整个《哲学原理》便是对这一生长或分化过程的详细呈现。